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自現(xiàn)代類似物或相關(guān)古代標(biāo)本樣品鑒定
顯微鏡
采用的暗樣設(shè)計(jì)(blindsampledesign)方法。在這種設(shè)計(jì)中,只提供給
研究者進(jìn)行DNA提取和序列初步分析的樣品編號(hào),而不提供樣品的鑒定名稱
。如有可能,同一采樣地點(diǎn)的樣品要提供多份,以便以后進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)以
驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果。因此,在暗樣設(shè)計(jì)中,進(jìn)行DNA的提取和序列分析人員并不
知道是何樣品,乃至是否是某一樣品的重復(fù)實(shí)驗(yàn)。重復(fù)實(shí)驗(yàn)所獲得的DNA序
列一致性能夠確保實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的真實(shí)性,從而排除了半隨機(jī)性和DNA片段雜合
造成的序列重建。下面將要詳細(xì)討論的是,對(duì)標(biāo)本進(jìn)行正確的屬種鑒定并
和已經(jīng)發(fā)表的序列相比較,并通過標(biāo)準(zhǔn)的系統(tǒng)發(fā)生分析以支持古DNA數(shù)據(jù)的
準(zhǔn)確性。而當(dāng)樣本由于明顯的特征很容易被鑒定,當(dāng)暗樣設(shè)計(jì)的方法不能
采用時(shí),所有的提取和擴(kuò)增過程都應(yīng)該在和該樣本無關(guān)的條件下進(jìn)行,這
樣可排除來自現(xiàn)代類似物或相關(guān)古代標(biāo)本的污染(Cooper efa/.,1996)
。
古DNA提取的全過程最好在特定的房間內(nèi)穿著特定的衣服、用特定的儀
器(Handt efa/.,1994a)進(jìn)行,這對(duì)降低污染非常有效,有些研究者認(rèn)
為這樣做是進(jìn)行古DNA研究所必須的。但是,由于多數(shù)污染來自樣品處理之
前,或者如手工處理,不正當(dāng)儲(chǔ)存,樣品內(nèi)部真菌或細(xì)菌的生長(zhǎng),以及在D
NA擴(kuò)增過程中使用以前擴(kuò)增時(shí)被污染的試劑等,因此,一個(gè)專門的古DNA實(shí)
驗(yàn)室既不可能也不足以保證樣本和序列結(jié)果的正確性。
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